(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210385117.0 (22)申请日 2022.04.13 (71)申请人 华南农业大 学 地址 510642 广东省广州市天河区五山 街 道483号华南农业大 学 (72)发明人 周海　王木妹　朱晓培　徐彭　 廖世棠　陈明浩　庄楚雄　 (74)专利代理 机构 北京东方盛凡知识产权代理 事务所(普通 合伙) 11562 专利代理师 王颖 (51)Int.Cl. C12N 15/29(2006.01) C12N 15/82(2006.01) A01H 5/00(2018.01) A01H 6/46(2018.01)C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种水稻开花时间遗传 控制位点、 试剂盒及 其应用 (57)摘要 本发明公开了一种水稻开花时间遗传控制 位点、 试剂盒及其应用， 在籼稻品种材料中该遗 传控制位点位于FOT1基因启动子ATG上游 ‑61bp 处， 该位点处存在11bp的ggaggggaggg的插入突 变； 水稻开花时间的基因FOT1突变可以明显促进 粳稻在早晨开花； FOT1启动子序列和基因表达量 存在明显籼粳分化， 相较于粳稻品种， 大部分籼 稻品种中该基因ATG上游 ‑61bp处存在一个简单 重复序列 ggaggggaggg的插入， 而粳稻为a， 该位 点的变异可能与FOT1的表达量相关， 表达量越高 开花越晚。 该基因籼粳分化位点 ‑61bp开发成为 分子标记， 用于早晨开花的粳型不育系的选育， 可解决籼粳杂交花时不遇问题， 提高制种产量。 权利要求书1页 说明书10页 序列表5页 附图3页 CN 114807164 A 2022.07.29 CN 114807164 A 1.一种调控水稻开花时间的遗传控制位点， 其特征在于， 所述遗传控制位点位于FOT1 基因启动子ATG上游 ‑61bp处， 籼稻在该位 点处存在1 1bp的ggaggggaggg的插入突变。 2.根据权利要求1所述的调控水稻开花 时间的遗传控制位点， 其特征在于， 所述FOT1基 因在籼稻AnN的全基因组核苷酸序列如SEQ  ID No.1所示， 在粳稻ZH11的全基因组核苷酸序 列如SEQ ID No.2所示。 3.一种水稻开花 时间检测试剂 盒， 其特征在于， 所述试剂 盒包括用于扩增如权利要求1 或2所述遗传控制位 点的引物序列。 4.根据权利要求3所述的试剂盒， 其特 征在于， 所述引物序列为： FOT1‑F： AGCCTCGAGCTGA ACTGAAG FOT1‑R： AGCAGA ACGAGCAC CGTGAC。 5.一种权利要求1或2所述的调控水稻开花 时间的遗传控制位点、 权利要求3或4所述的 试剂盒在水稻杂交育种中的应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114807164 A 2一种水稻开花时间遗传控制位点、 试剂盒及其应用 技术领域 [0001]本发明涉及基 因工程和分子育种技术领域， 特别是涉及 一种水稻开花时间遗传控 制位点、 试剂盒及其应用。 背景技术 [0002]水稻(Oryza  sativa L.)是养活世界一半人 口的主要粮食作物， 亚种内杂交稻在 常规稻基础上增产  10‑20％(Normile,2 008； Su et al.,2012； chen et al.,2020)， 但随着 杂交水稻的不断发展， 亚种内杂交稻发展到了瓶颈期(shen  et al.,2017)， 想再进一步提 高产量非常的困难， 而籼粳亚种内杂交可以在亚种内杂交的基础上再增产30％， 是杂交水 稻发展的一个新方向(Qian  et al.,2016)。 籼粳杂交， 一般粳稻作为不育性， 籼稻作为恢复 系， 但是由于籼稻和粳稻开花习性不同， 作为不育性的粳稻开花时间晚， 而作为恢复系的籼 稻开花时间早， 造成花时不育， 严重影响制种 产量， 目前制种产量低是影响籼粳稻杂交的主 要因素(袁隆平， 20 02书； 张萌等， 2016； L iu et al.,2017)。 [0003]一天当中， 开花早晚是水稻花时的习性， 不同的水稻品种花时可能有一定的差异， 一般籼稻比粳稻早开花， 野生稻比栽培稻早开花， 这与它们自身的遗传因素有关(仲 维功 等， 1990)。 关于花时的遗传研究， 王建军等通过对籼粳稻遗传分析， 初步认为花时较早受1 对显性基因控制(王建军等， 1991)， 陈孙泰等发现控制花时的基因与控制水稻籼粳类型性 状的遗传基因不连锁(陈孙泰等， 1990)； Thanh等发现亚洲野生稻W630(Oryza rufipogo)开 花较早， 在温度升高之前的早晨已经完全受精， 通过W630和开花较晚的日本晴杂交和回交 得到的BC2F8回交群体， 通过QTL分析， 检测到4、 5、 10号染色体上有早开花特性的QTL位点 (Thanh at al.,2010)。  Phuong等用W630和籼稻 IR36作研究材料， 在第5号染色体上RM13 ‑   RM574之间和第 8号染色体上RM44 ‑RM223区域之间各检测到一个QTL  位点， 基因座上的纯合 野生型等位基因具有促进较早开花的潜力(Phuong at  al.,2018)。 马作斌等通过构建籼稻 七山占与粳稻品种秋光杂交的重组自交系， 在第1、 2、 7、 8、 10和12染色体上共检测到6个与 花时相关的QTL  位点(马作斌等， 201 1)。 [0004]到目前为止， 克隆到控制 水稻花时的基因非常少， 而花时基因存在籼粳分化的位 点也未见报道。 发展调控水稻花时基因的籼粳分化遗传标记， 运用到水稻育种中， 将有利于 挖掘到更多于调控水稻花时相关的基因， 进 而有利于解决籼粳杂交制种产量低的问题。 发明内容 [0005]本发明的目的是提供一种水稻开花时间遗传控制位点、 试剂盒及其应用， 以解决 上述现有技 术存在的问题， 调控水稻开 花时间。 [0006]为实现上述目的， 本发明提供了如下 方案： [0007]本发明提供一种调控水稻开花时间的遗传控制位点， 所述遗传控制位点位于FOT1 基因启动子ATG上游 ‑61bp处， 籼稻在该位 点处存在1 1bp的 ggaggggaggg的插入突变。 [0008]进一步地， 所述FOT1基因在籼稻AnN的全基因组核苷酸序列如SEQ ID  No.1所示，说　明　书 1/10 页 3 CN 114807164 A 3