(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210387875.6 (22)申请日 2022.04.13 (71)申请人 中国科学院南海 海洋研究所 地址 511458 广东省广州市南沙区海 滨路 1119号 (72)发明人 江晓　任春华　陈廷　罗鹏　 胡超群　张鑫　王艳红　 (74)专利代理 机构 广州科粤专利商标代理有限 公司 44001 专利代理师 陈洁娣　刘明星 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种半叶马尾藻SSR标记及其扩增引物、 检 测方法和应用 (57)摘要 本发明公开了一种半叶马尾藻SSR标记及其 扩增引物、 检测方法和应用。 本发明利用基因组 survey测序获得的半叶马尾藻序列， 获得14个 具 有高度多态性SSR标记， 编号分别为S12、 S16、 S24、 S31、 S33、 S39、 S41、 S53、 S58、 S72、 S74、 S85、 S108和S143。 本发明所述的SSR标记， 具有多态性 强， 杂合度高的特点， 在对遗传多样性较低的半 叶马尾藻群体进行多样性评估时有极强的优势。 本发明的SSR标记扩增引物和检测方法可用于半 叶马尾藻种群遗传多样性分析， 并在半叶马尾藻 种群鉴定方面具有应用前 景。 权利要求书3页 说明书8页 序列表4页 附图1页 CN 114959093 A 2022.08.30 CN 114959093 A 1.一种半叶马尾藻SSR标记， 其特征在于， 所述的SSR标记编号为S12、 S16、 S24、 S31、 S33、 S39、 S41、 S5 3、 S58、 S72、 S74、 S 85、 S108和S143； 所述的S12的核苷酸序列如SEQ  ID NO.1所示； 所述的S16的核苷酸序列如SEQ  ID NO.2所示； 所述的S24的核苷酸序列如SEQ  ID NO.3所示； 所述的S31的核苷酸序列如SEQ  ID NO.4所示； 所述的S3 3的核苷酸序列如SEQ  ID NO.5所示； 所述的S39的核苷酸序列如SEQ  ID NO.6所示； 所述的S41的核苷酸序列如SEQ  ID NO.7所示； 所述的S5 3的核苷酸序列如SEQ  ID NO.8所示； 所述的S58的核苷酸序列如SEQ  ID NO.9所示； 所述的S72的核苷酸序列如SEQ  ID NO.10所示； 所述的S74的核苷酸序列如SEQ  ID NO.11所示； 所述的S85的核苷酸序列如SEQ  ID NO.12所示； 所述的S108的核苷酸序列如SEQ  ID NO.13所示； 所述的S143的核苷酸序列如SEQ  ID NO.14所示。 2.一种权利要求1所述的半叶马尾藻SSR标记 的扩增引物， 其特征在于， 所述的扩增引 物包括： 针对S12位 点： F12： 5'‑TTCATTTCAAGCATGTC CCA‑3'； R12： 5'‑GTGGATTCCGAATGACGACT ‑3'； 针对S16位 点： F16： 5'‑GAATAATGGCATCGTG GTCC‑3'； R16： 5'‑GACGCGCTCGA ATATTTGTT‑3'； 针对S24位点： F24： 5'‑CGTTCCTTGTCGGAACATTT‑3'； R24： 5'‑TGCTCTGTGCAC CCACTTAC‑3'； 针对S31位 点： F31： 5'‑AGTACGCA AACGCTCCCTTA‑3'； R31： 5'‑GCTTCGGATGAAAGATCAGC ‑3'； 针对S33位点： F33： 5'‑TACAGTTGCGGATAGTGGCA‑3'； R33： 5'‑CCCTTCGTCGCGTCT TATTA‑3'； 针对S39位 点： F39： 5'‑GAAGGACGTGTAC CTGGCAT‑3'； R39： 5'‑CTCGCACTACA AACAGCAGC ‑3'； 针对S41位 点： F41： 5'‑GTGACCACGGACTGGATCTT‑3'； R41： 5'‑CGAAGCTGCACAC CAAAGTA‑3'；权　利　要　求　书 1/3 页 2 CN 114959093 A 2针对S53位点： F53： 5'‑TTCTGATCT TGTGACCACGG‑3'； R53： 5'‑CCCGGATAGATGAG GTTTGA‑3'； 针对S58位 点： F58： 5'‑TGTGACCACAAGTAGCCTGC‑3'； R58： 5'‑CCATGATAC CTTTGTCCGCT‑3'； 针对S72位 点： F72： 5'‑TGGCGTTACAAAGTGTGAG G‑3'； R72： 5'‑CCGGTACCATTTCATTTGCT‑3'； 针对S74位点： F74： 5'‑GGAGAACAGTCGGACACGAT ‑3'； R74： 5'‑GATCTCCACGGTAGAACCGA‑3'； 针对S85位点： F85： 5'‑CGTCCCTTTGGAACACAGAT ‑3'； R85： 5'‑TAGCGATCGACACGTCA AAG‑3'； 针对S108位 点： F108： 5'‑ACGCTTGCGAAAGGACTATG‑3'； R108： 5'‑TAGTTGGGTTGCCGTAGGTC‑3'； 针对S143位 点： F143： 5'‑AGTTTGTAATCGTGGGCTGG‑3'； R143： 5'‑TGTGACCACAAGTAGCCTGC‑3'。 3.根据权利要求2所述的扩增引物， 其特征在于， 所述的扩增引物的正向引物的5'端标 记有荧光基团。 4.根据权利要求3所述的扩增引物， 其特 征在于， 所述的荧 光基团为FAM、 H EX或TAMRA。 5.检测权利要求1所述的SSR标记的试剂在制备半叶马尾藻群体遗传多样性分析及种 群鉴定的产品中的应用。 6.权利要求1所述的SSR标记或权利要求2所述扩增引物在制备用于半叶马尾藻群体遗 传多样性分析及种群鉴定的试剂盒中的应用。 7.一种用于半叶马尾藻群体遗传多样性分析及种群鉴定的试剂盒， 其特征在于， 包含 权利要求2、 3或4所述的扩增引物。 8.一种半叶马尾藻S SR标记的检测方法， 其特 征在于， 包括以下步骤： (1)提取半叶马尾藻基因 组DNA； (2)以步骤(1)提取的基因组DNA为模板， 利用权利要求2、 3或4所述的扩增引物进行PCR 扩增； (3)利用测序仪对步骤(2)扩增的PCR产物进行分型； (4)对步骤(3)获得的分型 结果进行遗传多样性分析。 9.根据权利要求8所述的检测方法， 其特征在于， 所述的PCR扩增， 其反应体系为25μL， 包括： 不含Mg2+的10×PCR buffer 2.5 μL、 25mM  MgCl2 2.0 μL、 10mM  dNTP 0.5 μL、 高保真PCR 酶1U、 20 μM正向引物1 μL、 20 μM反向引物1 μL、 DNA模板20ng， 其 余由无菌双蒸水补足至25 μL；权　利　要　求　书 2/3 页 3 CN 114959093 A 3